##contMainMenu##

Bioinformàtica

       

Programari de genòmica ambiental al núvol

BIOLOGIA

Desenvolupen un programari de genòmica ambiental comparativa en temps real

Un equip de Sequentia Biotech, amb seu al Parc Científic de Barcelona (Espanya), ha desenvolupat un programari en el núvol capaç de gestionar i analitzar dades metagenómicos de qualsevol comunitat microbiana generats per les tecnologies de nova seqüenciació (Next Generation Sequencing, NGS) aplicades a la genètica humana, animal i vegetal.

Segons els autors, Gaia és la primera eina bioinformàtica que integra automàticament tots els nivells de la classificació taxonòmica amb la funcional (des del regne fins a la subespècie) en tan sols 12 hores i permet comparar les mostres en temps real. Gaia és una plataforma informàtica en núvol que es distribueix en la modalitat SaaS (Software as a Service) -basada en la facturació pel consum-i és molt intuïtiva; qualsevol investigador encara que no sigui expert en bioinformàtica la pot utilitzar i avaluar fàcilment l'anàlisi dels resultats obtinguts.

La metagenòmica (genòmica ambiental o genòmica de comunitats) és l'anàlisi del metagenoma: el conjunt de l'ADN dels diversos microorganismes presents en un hàbitat. Es tracta d'un camp nou de la genòmica que busca obtenir i analitzar mitjançant tecnologies NGS (Next Generation Sequencing) seqüències del genoma dels diferents microorganismes que composen una comunitat sense la necessitat d'aïllar-o cultivar-in vitro, el que permet obtenir informació, no només de l'estructura de la comunitat (diversitat, distribució, etc.), sinó també de la funció dels gens microbians que la componen.

[Img # 39705]

Walter Severino i Riccardo Aiese, cofundadors de Sequentia. (Foto: PCB)

Gaia pretén donar resposta a aquest desafiament de la bioinformàtica. Es tracta d'una eina on line capaç d'obtenir una visió completa i detallada del microbioma de diferents ambients procedents del cos humà, (estómac, boca, pell etc.), animals, residus orgànics, agricultura, i medi ambient (terra, aigua, etc.).

"Es tracta d'una eina que proporciona anàlisi de dades metagenómicos a partir de mostres ambientals, el que constitueix un gran avantatge, ja que s'estima que amb els mètodes tradicionals, basats en l'aïllament i cultiu de microorganismes in vitro, es perden entre 90 % i el 99% dels microbis de la mostra ", explica Walter Sanseverino, conseller delegat de Sequentia.

A més, treballa amb qualsevol organisme (eucariotes, procariotes i virus), enfront de la majoria dels sistemes bioinformàtics actuals que només treballen a nivell de bacteris. (Font: Parc Científic de Barcelona)

Més informació : http://www.sequentiabiotech.com/

Publicat el 8/8/2017 en Informació general

       

RSS 2.0 (Informació general) RSS 2.0 (BLOG CATBackup)

Deixa un comentari


( * ) Camps obligatoris