Un equip de Sequentia Biotech, amb seu al Parc Científic de Barcelona (Espanya), ha desenvolupat un programari en el núvol capaç de gestionar i analitzar dades metagenómicos de qualsevol comunitat microbiana generats per les tecnologies de nova seqüenciació (Next Generation Sequencing, NGS) aplicades a la genètica humana, animal i vegetal.

Segons els autors, Gaia és la primera eina bioinformàtica que integra automàticament tots els nivells de la classificació taxonòmica amb la funcional (des del regne fins a la subespècie) en tan sols 12 hores i permet comparar les mostres en temps real. Gaia és una plataforma informàtica en núvol que es distribueix en la modalitat SaaS (Software as a Service) -basada en la facturació pel consum-i és molt intuïtiva; qualsevol investigador encara que no sigui expert en bioinformàtica la pot utilitzar i avaluar fàcilment l'anàlisi dels resultats obtinguts.

La metagenòmica (genòmica ambiental o genòmica de comunitats) és l'anàlisi del metagenoma: el conjunt de l'ADN dels diversos microorganismes presents en un hàbitat. Es tracta d'un camp nou de la genòmica que busca obtenir i analitzar mitjançant tecnologies NGS (Next Generation Sequencing) seqüències del genoma dels diferents microorganismes que composen una comunitat sense la necessitat d'aïllar-o cultivar-in vitro, el que permet obtenir informació, no només de l'estructura de la comunitat (diversitat, distribució, etc.), sinó també de la funció dels gens microbians que la componen.

Walter Severino i Riccardo Aiese, cofundadors de Sequentia. (Foto: PCB)

Gaia pretén donar resposta a aquest desafiament de la bioinformàtica. Es tracta d'una eina on line capaç d'obtenir una visió completa i detallada del microbioma de diferents ambients procedents del cos humà, (estómac, boca, pell etc.), animals, residus orgànics, agricultura, i medi ambient (terra, aigua, etc.).

"Es tracta d'una eina que proporciona anàlisi de dades metagenómicos a partir de mostres ambientals, el que constitueix un gran avantatge, ja que s'estima que amb els mètodes tradicionals, basats en l'aïllament i cultiu de microorganismes in vitro, es perden entre 90 % i el 99% dels microbis de la mostra ", explica Walter Sanseverino, conseller delegat de Sequentia.

A més, treballa amb qualsevol organisme (eucariotes, procariotes i virus), enfront de la majoria dels sistemes bioinformàtics actuals que només treballen a nivell de bacteris. (Font: Parc Científic de Barcelona)

Més informació : http://www.sequentiabiotech.com/